Neben der Fähigkeit, komplexe Fragestellungen effizient zu erfassen und zu modellieren, ausgestattet mit mathematischen Kenntnissen und formalem Denkvermögen, bedient sich der Medizinische Informatiker folgender Methoden:

Systemanalyse

Medizinbetriebe sind komplexe Organisationen. Der gewinnbringende Einsatz von Informatiklösungen setzt die professionelle systemanalytische Durchdringung als Basis des System- und Organisationsdesigns sowie der Implementierung voraus. Techniken der Vor-Ort-Analyse spielen hierbei ebenso eine Rolle wie die formale Modellierung der Analyseergebnisse, beispielsweise mit objektorientierten Methoden.

Entwurf und Realisierung von Informationssystemen

Informationssysteme müssen orientiert am Verwendungskontext entworfen werden. Hierbei sind zu berücksichtigen: Medizinische Dokumentationsprinzipien und Schlüsselsysteme, spezielle linguistische Verfahren, die ergonomische Gestaltung der Benutzungsschnittstellen orientiert am hochdynamischen Anwendungsumfeld Medizin, nationale und internationale Standards (DIN/NAMed FB G, CEN/TC 251, ISO/TC 215). Dabei sollen moderne Verfahren des Software-Engineerings zum Einsatz kommen. Von besonderer Bedeutung sind Datenschutz und Datensicherheit. Darunter fallen so wichtige Konzepte wie Vertrauenswürdigkeit, Verfügbarkeit, Integrität, Vertraulichkeit, Nicht-Abstreitbarkeit etc.

Statistische und biometrische Methoden

Medizinische Informationen und Datensammlungen helfen nicht nur der Behandlung des Einzelnen, sondern können in ihrer Gesamtheit - krankheitsartenspezifisch oder als Behandlungspopulation einer Institution - zu neuen erkenntnissen beitragen. Aufbau und Nutzung der Informationssammlungen bedürfen statistischer und biometrischer Methoden.

Signal- und Bildverarbeitung

Hierunter fallen Verfahren der Erfassung, Verbesserung, Speicherung, Darstellung und interaktiven Bearbeitung von Bild- und Biosignalen, sowie zur Erkennung von Mustern: z.B. Farbcodierung, Filterung, Vergrößerung, perspektivische Sichten, Langzeitarchivierung etc.